В 1558-1565 гг., при игумене Корнилии, взявшем себе в сподвижники архитектора Павла Заболотного (в иночестве Пафнутия), монастырь был укреплен мощной каменной стеной с 9 боевыми башнями.

Монастырь особенно окреп и вырос при игумене Корнилии. При нем были построены большинство зданий и крепость с башнями. Во время Ливонской войны царь Иван Грозный приезжал в монастырь молиться. Как положено встречать почетных гостей Корнилий встретил царя с хлебом и солью и спросил у него разрешения обнести, построить вокруг монастырских построек крепостную стену. Царь крепость строить позволил, но при условии что она должна быть очень маленькой и должна уместиться на шкуре быка. Корнилий дал обещание царю в точности все исполнить и не нарушать этого условия.
Царь воевал со своим войском вблизи Риги 7 лет. Возвращаясь в Москву он решил вновь посетить Печерский монастырь, но на том месте стояла огромная крепость. Царь был в ярости увидев ее и его подозрениям не было конца. По информации своих слуг царь знал, что Корнилий переписывался с врагом. Корнилия подозревали в измене России и царю ... а тут еще и крепость вокруг монастыря отстроил ... да какую огромную! Разгневанный царь увидел Корнилия, который встречал его хлебом и солью у ворот монастыря и крепости, и вытащил меч, размахнулся и снес Корнилию голову. Голова катилась по склону горы вниз, по дороге которая ведет к основным монастырским зданиям .... а царь раскаялся в своем смертном грехе, подхватил падающее тело умирающего монаха. Но человека не вернешь! Царь подарил монастырю во искупление своего смертного греха богатые сокровища, подарки, колокол (он и сейчас висит на монастырской Большой Звоннице - он самый большой - весит 4 тонны. Но жизнь человеку невозможно вернуть!
А тело Корнилия было положено в святую раку и похоронено в храме, здесь оно находится до сегодняшнего дня. Корнилий был очень талантливым трудолюбивым человеколюбивым и предприимчивым. Он очень любил свой монастырь, и Россию. Приказ царя о строительстве такой крепости какую позволит шкура вола, Корнилий не нарушил, он просто разрезал шкуру вола на очень тонкие полоски и обогнул этими полосками все постройки монастыря и все церкви монастыря. По ним и строились стены крепости с башнями. Так рассказывает легенда!

Удивительны и укрепления 16 века, то идущие по верхнему краю оврага, то сбегающие вниз по его склону, то поднимающиеся на другой склон, чтобы ниже по течению вновь спуститься к ручью. Крепостные стены, общей длиной более 700 метров, в точности повторяют рельеф этого места.