Во время морового поветрия род Поганкиных прекратился. В палатах был устроен то провиантский склад, то пороховой. В 1900 году они были переданы Псковскому археологическому обществу, а спустя два года, после первой реставрации, в них открыли Исторический музей.

Снаружи Поганкины палаты выглядят крайне просто, здесь отсутствуют какие бы то ни было украшения. Сохранившаяся каменная часть палат дошла до нашего времени с очень незначительными изменениями; утерянными, оказались только два крыльца палат, выходившие во двор, и верхние оконечности лестниц, связывавших каменные помещения с деревянными хоромами, которые возвышались над плитяным корпусом по всей длине здания.

В настоящее время в Поганкиных палатах размещены экспонаты Псковского историко-художественного и архитектурного музея-заповедника.

Богатые коллекции музея Поганкипых палат, содержащие многие ценные археологические и этнографические находки ученых, редкие древние книги и рукописи, предметы искусства, были разорены и разграблены фашистскими оккупантами во время Великой Отечественной войны. Многие редчайшие экспонаты музея оказались утерянными навсегда.

После войны прекрасный памятник древнепсковской архитектуры, находившийся в развалинах, был восстановлен.

Размещенная в палатах экспозиция исторического отдела музея раскрывает жизнь Псковского края от периода неолита до наших дней. Среди экспонатов — много предметов производства, быта и культуры псковичей XI—XII веков, изделия местных мастеров кожевенного, гончарного, литейного дела.

В разделе, посвященном героическому боевому прошлому Псковской земли, выставлено много предметов военного снаряжения, материалы, рассказывающие об оборонной роли Пскова — северо-западного щита русских земель.

Среди экспонатов музея видное место занимают произведения древнерусского искусства — живописи, скульптуры, прикладных видов.